HCR反应发夹设计
在一个典型的HCR中，采用两个发夹式寡核苷酸。一个单链DNA启动子（缩写为\"I\"）可以打开其中一个发夹，暴露出一个以前未识别的单链区域，可以打开另一个发夹。该反应循环进行，导致形成有缺口的双链并发体。以前的报告显示，数百到数千个发夹构件可以被组装起来。为了将HCR与DNA交换技术相结合，这里开发了一种可逆的HCR。我们采用了两种策略，命名为间隙式HCR（gHCR）和尾部HCR（tHCR）。
对于gHCR，一个额外的单链区域被插入第一个发夹的环中，而对于tHCR，额外的区域被置于发夹的3′端。在启动子启动后，两个发夹（即H1和H2）可以组装成双链的协合体，在gHCR和tHCR的情况下分别有重复的空隙或尾巴。为了分解协合体，额外的区域（即间隙和尾巴区域）作为一个脚点与寡核苷酸垫圈（缩写为\"W\"）结合，反过来，它可以与H2竞争，通过链位移与H1杂交。
