快 速 入 门
目录
1. 用户登陆
2. 帐号及密码修改 3. 主目录
4. 环境文件配置
5. fortran并行程序编译、连接 6. fortran并行程序运行 7. 作业状态查询 8. 几点重要说明
1. 用户登陆
用户通过SSH在实验室盈都分部内登陆192.168.0.251
2. 帐号及密码修改
NIS用户帐号经实验室课题组长同意后建立; 为确保安全, 请及时修改初始密码, 命令: yppasswd
3. 主目录
用户***的主目录为 /export/home/***
4. 环境文件配置
(注: 此步骤在建立NIS帐户时已由系统管理员帮助完成, 在此给出只是为方便熟练用户可以按自己习惯的方式使用系统资源.)
4.1 .bashrc文件配置
# .bashrc
# User specific aliases and functions alias rm='rm -i' alias cp='cp -i' alias mv='mv -i'
# Source global definitions if [ -f /etc/bashrc ]; then . /etc/bashrc fi
source /export/compiler/intel91/bin/iccvars.sh source /export/compiler/intel91/bin/ifortvars.sh source
/export/mathlib/mkl721/tools/environment/mklvarsemt.sh export PATH=/export/mpi/mpich-gm/bin:$PATH export PATH=/export/pvm/pvm-gm/lib:$PATH export PVM_ROOT=/export/pvm/pvm-gm export PVM_ARCH=LINUXGM
4.2 作业提交脚本文件qsubljrs配置
echo this script pid is $$
echo Working directory is $LJRS_O_WORKDIR echo $LJRS_0_WORKDIR = $LJRS_O_WORKDIR cd $LJRS_O_WORKDIR
echo Runing on host `hostname` echo Time is `date` echo Directory is `pwd`
echo This jobs runs on the following processors: echo \\$LJRS_NODEFILE=$LJRS_NODEFILE echo `cat $LJRS_NODEFILE`
NPROCS=`wc -l < $LJRS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes
/export/mpi/mpich-gm/bin/mpirun -v -machinefile $LJRS_NODEFILE -np $NPROCS ./a.out echo `date`
5. fortran并行程序编译、连接
mpif77 *.f[or], 生成可执行文件
6. fortran并行程序运行
系统提供两种作业提交方式, 交互式为： mpirun -np ? ??
（?为用户使用的CPU数, ??为可执行文件）
后台提交为：
qsub -l nodes=?:ppn=?? -q pool??? qsubljrs
（?为用户使用的结点数，??为在每个结点上使用的CPU数，???为结点池编号）
7. 作业状态查询
查看作业状态 qstat -a
取消作业
qdel ?（?为用户的作业号）
查看队列状况 qstat -q
查看结点(池)状况 Shownodes
8.几点重要说明
8.1 Fortran 77, Fortran 90, C 和 C++ 程序都可以编译运行;
8.2 支持基于MPI、OpenMP及PVM程序;
8.3 快速BLAS库有Intel的MKL(数学核心库)、ATLAS 和Goto's BLAS
更详尽介绍参见: 高级进阶
2007-07-07更新
