药店不让刷医保卡是否违法需要视情况而定：
1、药店是否可以刷刷医保卡前提是医保定点药店，是否定点由药店自主申请；
2、药店刷卡在城市用掉的都是个人医保卡的钱，药品是有规格剂型生产厂家等的，每个产品编码不一样，所以会存在是否医保，稽核较严格的地方可能刷卡率会低；
3、经办机构应当加强医疗保障基金支出管理，通过智能审核、实时监控、现场检查等方式及时审核医保药品费用。对定点零售药店进行定期和不定期稽查审核，按医保协议约定及时足额向定点零售药店拨付医保费用。原则上，应当在定点零售药店申报后30个工作日内拨付符合规定的医保费用。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
第五条
县级以上将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。
国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上对社会保险事业给予必要的经费支持。
国家通过税收优惠支持社会保险事业。
