法律分析：缴纳时，如果企业已经与国税、银行签订了三方协议，那么会在申报结束后，国税局与银行传递交换信息后进行税额的扣除。这里关于分两次扣除，应当是由于企业的的应税项目分为两种的关系。即由于企业有多种的应税项目，其中部分属于现代服务业或运输业，另一部分属于传统的征税范围，如加工维修等服务。即两者税率不一致，两者的进项与销项都能分别计算，才会导致这种情况发生。这仅供您的参考，您可以根据企业的实际情况进行一下核实。
法律依据：《中华人民共和国暂行条例实施细则》 第七条 纳税人兼营非应税项目的，应分别核算货物或者应税劳务的销售额和非应税项目的营业额分别核算的，由主管税务机关核定货物或者应税劳务的销售额。
