擅自变更土地使用用途的处罚是由县级以上土地行政主管部门责令交还土地，处以罚款，没有经过批准就擅自改变土地性质的这种行为，有可能就构成了非法占地行为，情节非常严重的，甚至要追究刑事责任的。就算要变更土地使用用途，也要依法办理变更手续。
1、对于已经审批建设用地，擅自改变土地用途的(比如审批建设用地为工业用地，用作商业用地或居住用地)。依法收回国有土地使用权当事人拒不交出土地的，临时使用土地期满拒不归还的，或者不按照批准的用途使用国有土地的，由县级以上土地行政主管部门责令交还土地，处以罚款。
2、对未经批准擅自改变土地性质的行为，属非法占地违法行为，对于这类违法行为，一般采用责令拆除和并处罚款(农村村民个人建房除外不罚只拆)，构成刑事责任的移送司法机关。
一、如何办理改变用途审批手续？
用地者取得的国有建设用地使用权的土地用途，经过批准，是可以变更的。根据原供地方式、地块所在区域的不同，国有建设用地的改变原批准用途的审批主要有两种情况：
1、是出让国有建设用地改变用途的，应当经国土资源主管部门同意，报原批准用地的批准。如果地块在城市、镇规划区内，还要先经城乡规划主管部门审批同意变更规划条件。经批准改变原用途的，重新办理用地手续，重新签订或者变更土地使用权出让合同、调整土地使用权出让金、办理土地变更登记等。
2、是划拨国有建设用地改变用途的，审批程序与出让国有建设用地类似。但要注意的是，批准改变原用途的，改变后的用途如符合《划拨用地目录》的，经批准，可以继续以划拨方式使用，办理相应的划拨用地手续，换发新的国有土地划拨决定书；改变后的用途如不符合《划拨用地目录》的，应当依法办理有偿用地手续。
