土地侵占纠纷依法适用我国的诉讼时效规定，其行政诉讼时效为六个月、民事诉讼时效为三年。该时效自知道或者应当知道作出行政行为之日或被侵害之日起计算，超过二十年的人民不予受理。
一、土地侵占罪的立案标准
村集体土地被侵占的，是违反土地管理法律、法规的行为，可以向县级以上土地行政主管部门进行举报。
我国刑法中的大多数财产犯罪都是数额犯，即以一定财产数额作为定罪的标准。因为，犯罪数额直接反映着经济犯罪行为的规模及其社会危害性的程度，既是区分违法与犯罪、重罪与轻罪的主要标准，优势决定刑罚轻重的重要客观尺度。
本罪的立案标准，一为数额较大，一为有其他严重情节。
根据上海市高院、市、、司法局《关于本市办理部分刑事犯罪案件标准的意见》，侵占罪侵占数额2万元以上不满20万元，属于“数额较大”的起点标准。侵占数额20万元以上，属于“数额巨大”的起点标准。
《土地管理法》第七十六条：未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。
第八十一条：擅自将农民集体所有的土地的使用权出让、转让或者出租用于非农业建设的，由县级以上土地行政主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。
二、侵占罪与盗窃罪的界限
侵占罪与盗窃罪同属侵犯财产罪，其主体都是一般主体。其区别主要表现在：盗窃罪是秘密窃取公私财物的行为，在盗窃时，财物并不在行为人控制之下：而侵占罪则是行为人侵占物主委托管理的财物，其实施侵占行为时，被侵占之物当时已在他的实际控制之下。
