（1）法律依据不同：国有独资企业遵循《全民所有制企业法》，国有独资公司遵循《公司法》。
（2）管理体系不同：国有独资企业由出资，隶属于，实行任命或职工选举并经审核同意的厂长（经理）负责制，注重隶属关系;国有独资公司是以归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅的现代产权制度为指引，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系。
（3）治理结构不同：国有重点大型企业监事会由派出，对负责，代表国家对国有重点大型企业的国有资产保值增值状况实施监督。一般的国有企业董事会则由同级派出。国有独资公司监事会由国有资产监督管理机构委派。
（4）管理者角色不同：国有独资企业的厂长（经理）是上级任命的，是企业法定代表人，在企业生产经营中处于中心地位。国有独资公司总经理是由董事会聘任，对董事会负责，根据董事会的决策，对企业的日常经营管理工作负全面的责任，董事会与总经理之间是一种聘用关系（委托代理关系）。
【本文关联的相关法律依据】
《中国党全民所有制工业企业基层组织工作条例》
第一条为改革全民所有制工业企业的领导，确定厂长的责任和权限，实行厂长负责制，特制定本条例。
第二条全民所有制工业企业(以下简称企业)依照国家法律规定，取得企业法人资格。企业的法定代表人为厂长，负责代表法人行使职权。厂长依据本条例规定，对本企业的生产指挥和经营管理工作统一领导，全面负责。
《中华人民共和国公司法》
第二条本法所称公司是指依照本法在中国境内设立的有限责任公司和股份有限公司。
第三条公司是企业法人，有的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任;股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
