特病办理后多久生效这得看当地社保管理部门的工作效率。正常情况下，一个星期就可以办好。具体时间请向当地社保管理部门咨询。
办理特病证的流程：
1、先向定点医院提出申请；
2、然后提交本人的身份证、社保卡、住院病历等材料；
3、再由医院的工作人员为当事人在网上申请登记；
办理特殊病种的材料如下：
1、经二级（含二级）以上综合性（或专科）定点医院相关专业的主治（含主治）以上职称医师填写，医保办审核盖章的《门诊特殊病种和治疗项目申请表》1式2份；
2、相关病历资料（近三个月以上就医资料）；
3、相关检查检验报告及出院小结（原件复印件）。不同特殊病种需要按要求提供相应检查检验报告。
特殊病种申请条件
1、参保人员需持经治大夫出具的《诊断证明》，到本人选定的“特殊病种”定点医疗机构医疗保险办公室领取特殊病申请单一式两份；
2、本人或家属按要求填写后，到医院医保办公室进行审批，由医院在审批单中填写明确诊断，加盖医院公章；
3、本人携带《审批单》和《医保手册》到本人单位，由单位在《审批单》中填写意见，加盖单位公章；
4、用人单位或参保人员持《审批单》和《手册》到区、县医疗保险经办机构办理“特殊病种”审批手续。区、县医疗保险经办机构对符合“特殊病种”审批条件的参保人员进行审批备案；
5、参保人员到区、县医疗保险经办机构变更《手册》信息；
6、参保人员将一份《审批单》交回特殊病种定点医疗机构医保办留存。
综上所述，他门诊特殊病种医疗费用报销从医保经办机构审批之日起生效。
【法律依据】：
《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条
企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：
（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。
（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；
十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。
