1、投资主体不同
个人独资企业，指有一个投资主体并且是个人出资；合资企业，指有两个或两个以上的投资主体共同出资。
2、经营方式不同
个人独资企业是一个人投资经营；合资企业是两个或两个以上的投资主体合作经营。
3、利润分配形式不同
个人独资企业是投资者个人自主经营，自负盈亏；合资企业投资者（两个或两个以上的人）共同经营,按出资比例，分享成果，共担风险。
4、责任承担有所不同
个人独资企业仅由出资人一人承担无限责任；合伙企业则由全体合伙人承担连带无限责任。
一、个人独资企业, 投资人与经营者是一回事吗?
个人独资企业不具有法人资格，那么个人独资企业也就没有法定代表人。个人独资企业只存在投资人，而且营业执照上也只标明投资人姓名但是个人独资企业的投资人可以雇别人管理个人独资企业。个人独资企业是指依法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限连带责任的经营实体。个人独资企业虽不具有法人资格，但却是的民事主体，可以自己的名义从事民事活动。
二、自然人独资和股份制区别自然人独资和股份制区别对比
1.法律地位不同。个人独资企业的投资人为一个自然人，财产也为该投资人所有，投资人对企业债务承担无限责任，故其不具有法人资格。股份有限公司对公司承担有限责任，是企业法人，具有法人资格。
2注册资本的要求不同。《中华人民共和国个人独资企业法》中对个人独资企业的最低注册资本并未作规定，也没有规定最高限额。《中华人民共和国公司法》中却明确地规定了股份有限公司注册资本的最低限额为1000万元。
3.投资人的人数和主体身份不同。个人独资企业的投资人是一个人，而且是自然人。而公司中的股份有限公司的投资人(股东)则不得少于5人，投资人可以使自然人也可以是法人。
4.企业事务管理的组织机构不同。个人独资企业投资人可以自行管理企业事务，也可以委托或聘用其他具有民事行为能力的人负责企业的事务管理，股份有限公司则要求要有完整的企业法人组织机构，它主要设有股东(大)会、董事会(或董事)、监事会(或监事)、经理等几个部分。
5.投资人承担债务的责任形式不同。个人独资企业投资人的投资与个人财产是不分离的，故其承担的是无限责任。而股份有限责任公司的股东仅以其出资额或其所持股份为限对公司债务承担有限责任。
【本文关联的相关法律依据】
根据《公司法》第59条规定：一人有限责任公司应当在公司登记中注明自然人独资或者法人独资，并在公司营业执照中载明。
