您好,欢迎来到微智科技网。
搜索
您的当前位置:首页环介导等温扩增技术快速检测猪细小病毒的试验

环介导等温扩增技术快速检测猪细小病毒的试验

来源:微智科技网
Chinese Journal of Veterinary Medicine 中国兽医杂志2011年(第47卷)第1O期 3 环介导等温扩增技术快速检测 猪细小病毒的试验 黄书林 一,付 萍 ,李佳禾 ,张跃伟 ,蒋 菲 ,张 侃 ,陈会玲 ,吴文学 (1.中国农业大学动物医学院,北京海淀100193;2.中国牧工商(集团)总公司中牧研究院,北京丰台100070) 摘要:利用环介导等温核酸扩增技术(LAMP),建立了一种灵敏、特异、快速的猪细小病毒(PPV)检测方法。该方法针对 猪细小病毒非结构蛋白(NS一1)基因保守区域设计6条特异引物,在63℃的等温条件下45 min即可完成反应。最低检测限量 为1O拷贝的PPV目的基因,比常规聚合酶链式反应(PCR)方法敏感100倍,并具有良好的特异性。以钙黄绿素和Mn 作为 荧光指示剂,可快速、直观判定反应结果。通过对149份I 床样品进行检测比较,LAMP与PCR检出阳性样本数分别为33份 和27份,表明LAMP方法阳性检出率高于PCR。 关键词:环介导等温扩增(LAMP);猪细小病毒(PPV);PCR;荧光指示剂 中图分类号:¥852.65。。9.2 文献标识码:A 文章编号:0529—6005(2011)10—0003—04 Detection of porcine parvovirus by loop—mediated isothermal amplification HUANG Shu—lin ,FU Ping ,LI Jia—he ,ZHANG Yue—wei ,JIANG Fei , ZHANG Kan .CHEN Hui—ling 。WU Wen—xue (1.College of Veterinary Medicine,China Agricultura[University,Beijing 100193,China; 2.China Animal Husbandry Research Institute,Beijing 100070,China) Abstract:Using the loop—mediated isothermal amplification(LAMP),a sensitive and specific method for detection of porcine parvovirus was established.With six specific primers targeting the conserved re— gion of nonstructural protein(NS一1)gene,the LAMP—based assay could be completed within 45 min at 6 3℃.Detection limit of the assay W3S found to be 1 0 copies per reaction determined by using a recombined plasmid containing the target sequence,and that 1 00一fold higher than that of the PCR assay.In addition, the LAMP was highly specific to porcine parvovirus.A mixture of calcein and Mn2+was used as fluores— cent reagent tO make the result of LAMP visible.Furthermore,LAMP and conventiona1 PCR methods were assayed for 149 clinical samples which were suspected tO be porcine parvovirus infection.As a result, 22.1 (33/149)and 18.1 (27/149)of the samples were positive on LAMP and PCR analyzes,respec— tively.The results demonstrated that LAMP was more sensitive than PCR for clinical diagnosis. Key words:LAMP;porcine parvovirus;PCR;fluorescent reagent Corresponding author:WU Wen—xue 猪细小病毒病是由猪细小病毒(PPV)感染引起 环介导等温扩增技术(1oop—mediated isother— mal amplification,LAMP)作为一种新兴的核酸扩 增技术 ,具有高特异性、高敏感性、快速、简便等优 点 。本试验针对猪细小病毒NS-1基因设计引 物,建立了猪细小病毒LAMP检测方法。 1材料与方法 母猪繁殖障碍的重要病原体之一,主要引起母猪发 生流产、死胎、畸形胎、木乃伊胎及不孕等。近年来, 猪细小病毒病有上升的趋势,并且该病常常与猪圆 环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒,伪狂犬病病 毒等发生混合感染,给养猪业造成巨大的损失 收稿日期:2OlO一12一O2 。 1.1 毒株及病料来源 猪细小病毒7909株、 NADL一2株,购自中国兽医药品监察所;猪繁殖与呼 吸综合征病毒标准株(VR 2332)、猪伪狂犬病病毒 Bartha—K61株、猪瘟病毒(C株)、弓形虫(RH株)的 核酸样品,由本实验室制备保存。疑似PPV感染流 基金项目:农业部重点项目(2008 G57) 作者简介:黄书林(1982),男,硕士,从事畜禽传染病诊断研究 E—mail:hsl9802855@sohu.corn 通讯作者:吴文学,E mail:wuwenxue@cau.edu.cn 4 中国兽医杂志2011年(第47卷)第1O期 Chinese Journal of Veterinary Medicine 产胎儿组织病料采自北京周边地区、山东潍坊等地 规模化猪场。 1.2方法 用。 1.2.2 LAMP引物的设计在GenBank下载了NS- 1基因全长序列,利用生物学软件DNAStar的 MegAlign软件进行同源性比对分析,选取NS-1基因 同源性高即保守区域,使用在线LAMP引物设计软 件设计并筛选出PPV特异的6条引物(表1及图1)。 1.2.1 核酸DNA的提取 采用基因组DNA提取 试剂盒(TransGen)提取PPV 7909株、NADL一2株 的细胞培养物和组织样本DNA,于一8O℃保存备 表1所设计的引物 1921 gcaacaatgg ctagctatat g?atcat-tgg ggaaatgtac ctga Flc 1981 gagga罢eea氇aaatgcaaac cccaata童a aea caacag actctcagat ttccacatca Blc LB B2 204l—gtgaaaactt cgccagcgga caacaactac gc&gcaactc caatacag舂 磊夏蕊B3  c g t ggagcgag ccaaca 图1猪细小病毒LAMP各引物的名称与顺序和各引物在基因组中对应的位置 注:F3、B3、LF、LB、FIP(由F1c和F2组成)和BIP(由B1e和B2组成)分别代表LAMP方法的6条特异性引物; *:FIP与BIP分别由F1C、F2与Blc、B2组成,中间用“TTTT”连接 1.2.3 LAMP反应的建立 参照日本荣研株式会 社生产LAMP试剂盒,优化后的25 L反应体系 为:4 L Tris—HC1(125 mrnol/L),2 L MgSO4 (100 mmol/L),2肚L KCl(125 mmol/L),2止L (NH )2SO (125 mmol/L),0.4 uL Betaine(50 1.2.4 PCR反应 以猪细小病毒NS一1基因(Gen- Bank登录号:NC一001718)为靶序列设计PCR引 物。上游引物:5 一TAGGATGCGAGGAAAGAC一 3 ,下游引物:5,_GGAGTTAAGTGCAGGTT 3 , 扩增产物大小为400 bp。25 ffL PCR反应体系,包 括12.5 L 2x Tag PCR SuperMix(TransGen),上 oolt/L),0.025“L 0.2 Tween 20,dNTPs(100 mmol/L)各0.3 ffL,12 U Bst DNA聚合酶(New England Biolabs),此外,体系中引物FIP(40 mmol/L)、BIP(4o mmol/L)、F3(5 mmol/L)、B3(5 下游引物(25 ffmol/L)各0.6 L,2 L模板DNA, 加双蒸水至25 L。反应条件为94℃预变性5 min, 之后94℃变性45 S,54℃退火30 S,72℃延伸45 S, 共35个循环,最后72℃延伸10 min。通过1 琼脂 糖凝胶电泳分析反应产物。 mmol/L)、LF(20 mmol/L)、LB(20 mmol/L)各1 fL,2 L模板DNA,加双蒸水至25 L。 反应通过LA一200实时浊度仪(Teramecs,Ja— pan)进行实时监测。反应产物若经2 琼脂糖凝胶 1.2.5 LAMP与PCR的敏感性 本试验针对 LAMP和PCR检测的共同扩增区域序列构建重组 质粒。以猪细小病毒NADL一2株DNA为模板,使 用上述1.2.4中的PCR方法进行扩增反应。PCR 反应产物(400 bp)连接于pEASY—T1 Cloning Vec— tor载体(TransGen),构建含有目标片段的重组质 粒,经分光光度计法测定并计算质粒的拷贝数浓度, 电泳呈现典型“梯形”条带,则判定为阳性。置于 LA一200实时浊度仪(日本)中63℃恒温反应,可实 时监测反应液的浊度变化。以反应液浊度达到0.1 判为阳性。反应45 min结束,以检量曲线的形式展 示反应结果。同时,反应产物还通过2 葡萄糖琼 脂凝胶电泳进行检测。 进行10倍连续倍比稀释,使质粒在反应体系中的分 6 中国兽医杂志2O11年(第47卷)第1O期 明,LAMP方法阳性检出率22.1%(33/149),高于 PCR方法的阳性检出率18.1 (27/149)。 表2临床检测结果(n一149) 察其颜色变化即可快速判定结果,这使得LAMP方 法在临床检验上具有广阔的应用前景,为早期诊断、 防制和净化提供了一种新方法。 参考文献: [1]Woodbine K A,Medley G F,Slevin J,et a1.Spatiotemporal patterns and risks of herd breakdowns in pigs with postwean— 注:LAMP检出的阳性样本中包括全邵27个PCR阳性样本以 ing multisystemicwasting syndromeEJ ̄.Vet Rec,2007,160: 751_762. 及6个PCR阴性样本 Kim J,Chae C.A comparison of the lymphocyte subpopula 3 讨论 tions of pigs experimentally infected with porcine circovirus 2 目前已有常规PCR、多重PCR、Real—time PCR and/or parvovirusEJ ̄.Vet J,2003,165:325—329. 和Nest—PCR等方法检测细小病毒,且多选择高度 Notomi T,Okayama H,Masubuchi H, & .Loop—mediated 保守的NS-1基因作为检测的靶基因l_7 j。在本文 isothermal ampliifcation of DNAEJ3.Nucleic Acids Research, 2000,28(12):63. 中,我们同样选取了该基因上的保守区域设计了数 张跃伟,李旭妮,郭盼盼,等.荧光显色在环介导等温扩增 套引物,并通过阴性和阳性筛选,获得1套高效、特 (LAMP)检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的应用[J].农业生物 异LAMP引物,建立了最佳反应体系。 技术学报,2010,18(3):508—513. 试验发现,该方法能在63 C的恒温反应45 min 李佳禾,李一婧,付萍,等.猪胸膜肺炎放线杆菌环介导等温扩 增检测方法的建立与应用[J].农业生物技术学报,2009,17 即可判定结果。敏感性试验表明,LAMP方法最低 (6):948—953. 能检出1O个拷贝数的PPV基因组,相当于0.1 郭盼盼,黄书林,张跃伟,等.环介导等温扩增技术快速诊断猪 TCID5。/loo“L,比常规PCR方法高100倍,与先前 肺炎支原体EJ].农业生物技术学报,2010,18(4):822—826. 报道的该病原的LAMP方法灵敏度相当__8 ]。对多 Ana I R,Juan J M,Esmeralda D A, n .Porcine parvovir~ 种病原基因组进行检测,无交叉反应,显示良好的特 us:DNASequence and Genome Organization[J].Gen Virol, 1989,70:2541—3255. 异性。此外,通过对149份临床样本检测,结果证 Chen C M,Cui S J.Detection of porcine parvovirus by loop— 明,LAMP的阳性检出率(22.1 )要高于PCR方 mediated isothermal amplification[J].Journal of Virological 法(18.1%),也进一步证明了LAMP具有更高的灵 Metbods,2009,l55(2):l22~l25. 敏度。因此,可确定本试验建立的LAMP方法适用 Chen HT,Zhang J,Yang SH,el a1.Rapid deteclion of por— 于PPV检测的高敏感性和特异性的方法。 cine parvovirus DNA by sensitive loop— mediated sothermal am— plification[J].Journal of Virological Methods,2009,158(1 为了避免气溶胶造成假阳性的问题,我们通过 2):1OO一103. 在反应前体系中加入钙黄绿素,反应结束后肉眼观 <> <>●<)●◇ <>●<>●<) ㈨●<>●<>.().<)●<)●<>.().<>●<) <>●<> <>●<>.().<>●<>●<>●<>●(> <> <>●<>.().<> 0。<> <>●() <)… 中国畜牧兽医学会期刊编辑学分会2011年会 暨中国畜牧兽医科技期刊发展论坛在吉林延吉举行 本刊讯 2011年8月28~29日,中国畜牧兽医学会期刊编辑学分会2011年会暨中国畜牧兽医科技期 刊发展论坛在吉林省延边朝鲜族自治州延吉市举行,业内数十家期刊的近70名代表参会。 分会理事长冯艳秋主持开幕式,中国畜牧兽医学会副理事长兼秘书长阎汉平研究员参加会议并致辞,他 充分肯定了期刊编辑学分会的工作,对分会今后工作指明了发展方向。会上,共评选出9本精品期刊、15本 优秀期刊,7家分获行业贡献奖、数字化战略奖、发展创新奖,评选出期刊领军人物5名,优秀主编15名、优 秀编辑26名、优秀记者5名、优秀美编6名、优秀营销9名、优秀编务6名。本刊评为中国畜牧兽医精品期 刊;汪明、赵欢、张冬梅、黄长钦分别被评为优秀主编、优秀编辑、优秀营销和优秀编务。 在期刊发展论坛上,中国社会科学院法学研究所李顺德研究员就“数字技术环境下期刊出版的版权管理 与探讨”进行了专题讲座。中国农业科学院家禽研究所副所长戴有理研究员就我国畜牧兽医期刊发展的创 新、资源打造、数字出版路径、产业链延伸、人才队伍建设等问题进行了探讨。 在座谈交流会上,精品(优秀)期刊、先进个人的代表介绍了各自刊物的办刊经验。冯艳秋编审就国家期 刊改制情况与相关进行了专题发言,分会秘书长孔平涛主任对期刊编辑学分会近两年的工作进行了总 结,初步确定2012年分会会议论坛的主题为“变革时期期刊的创新与经营”,同时将筹备分会成立20周年纪 念活动。 

因篇幅问题不能全部显示,请点此查看更多更全内容

Copyright © 2019- 7swz.com 版权所有 赣ICP备2024042798号-8

违法及侵权请联系:TEL:199 18 7713 E-MAIL:2724546146@qq.com

本站由北京市万商天勤律师事务所王兴未律师提供法律服务