1、合同纠纷超过三年的，仍然可以起诉。权利人在超过诉讼时效期间后起诉的，人民仍应予以受理，不得以诉讼时效届满为由不予受理;
2、合同一方当事人向提起诉讼，要受三年诉讼时效，超过三年的，对方获得诉讼时效抗辩权。因此，合同纠纷超过三年仍然可以起诉，但是可能会丧失胜诉权。
《中华人民共和国民法典》第一百八十【普通诉讼时效、最长权利保护期间】
向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
