法律分析：1、是覆盖的人群不同。城镇居民医保主要覆盖城镇户籍的居民，新农合主要覆盖农村户籍居民。
2、是管理的部门不同。城镇居民医保主要由门管理，新农合多数地方由卫生部门管理。
3、是保障待遇的侧重点不同。城镇居民医保主要保住院和门诊大病兼顾普通门诊，所以住院及门诊大病待遇都要高于新农合。新农合的门诊待遇水平要高于城镇居民医保。
主要区别在投保对象不同。新生儿医保是城镇居民医保，主要针对城镇户籍的居民，并且只能在户籍当地参保，由门管理。农村合作医疗的参保对象是农村户籍居民，新农合医保是由卫生部门管理。从保险报销的角度看，新生儿医保的报销范围比农村合作医疗广，报销比例也要高一些。
法律依据：《中华人民共和国城镇职工基本医疗保险条例》
第二十七条 依照本条例缴纳基本医疗保险费的用人单位的人员，享受基本医疗保险待遇。
第二十 个人帐户用于支付统筹基金支付范围之外的医疗费；个人帐户不足支付的，由本人自负。
