一、特殊病种报销比例是多少
1、特殊病种报销比例需视情况而定：
（1）如果在一级医疗机构进行住院治疗，报销比例为90%；
（2）二级医疗机构的报销比例为80%；
（3）三级医疗机构的报销比例在60%左右。
2、法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第三十条
下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
第三十一条
社会保险经办机构根据管理服务的需要，可以与医疗机构、药品经营单位签订服务协议，规范医疗服务行为。
医疗机构应当为参保人员提供合理、必要的医疗服务。
二、医保报销流程是什么
医保报销流程是：
1、办理人提交报销单据等材料到医保窗口办理；
2、受理医保中心当日完成审核，结算，支付；
3、审查批准后，申请人领取社会医疗保险医疗费报销单后，予以报销。
