两者之间在印制、使用主体、内容、联次和作用都有所不同。
的印制方面:两者的要求不同：专用由税务主管部门指定的企业印制；普通，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定的企业印制。
使用的主体方面：专用一般只能由一般纳税人领购使用；普通则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用。
的内容方面：专用比普通要多纳税人税务登记号、不含金额、适用税率、应纳额等内容。
的联次方面：专用有四个联次和七个联次两种；普通则只有三联。
的作用方面：专用除了做购销双方收付款的凭证，还作购买方扣除的凭证；而普通一般不予作抵扣用。
一、一般纳税人开具工程款普通税率是多少
一般纳税人开具工程款普通税率分以下两种：
1、一般纳税人企业选择简易计税法和小规模纳税人的，税率3%，开具普通；
2、一般纳税人企业选择一般计税法的，税率11%，开具专用。
一般纳税人可以开具普通，普通的税率与专用的税率是相同的。
二、丢失了要紧吗
1.如果是纳税人遗失了空白的专用，需要在发现丢失当天向主管税务机关提供书面报告，然后纳税人还需要向税务机关提供遗失的相关信息，比如纳税人名称、遗失份数、遗失号码等情况，填具税务机关印制的专用表单后，持IC卡到国税主管机关办理电子退回或作废手续。按照我国管理办法，纳税人丢失的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款。纳税人如果遗失的是空白的普通，其他程序与丢失专用相同，惟一的区别是刊登遗失声明的报纸可以是当地报纸，同样可能面临1万元以下的罚款。
2.如果纳税人遗失了已经开具的专用的抵扣联和联，而采购方尚未认证抵扣的，采购方持销售方提供的相应专用记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失专用已报税证明单》，经采购方主管税务机关审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证。
3.如果纳税人仅遗失了专用的联，可将专用抵扣联作为记账凭证，专用抵扣联复印件留存备查。如果纳税人遗失了专用的抵扣联，可使用专用的联到主管税务机关认证。专用的联复印件留存备查。
4.如果纳税人遗失已经过税务机关认证相符的已开具专用的联和抵扣联，采购方凭销售方提供的相应专用记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失专用已报税证明单》，经采购方主管税务机关审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证。若仅遗失了联，可将专用抵扣联作为记账凭证，专用抵扣联复印件留存备查。若仅遗失联、抵扣联、记账联或全部联次的，处理方式与遗失未认证专用相同。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国暂行条例》
第一条
在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务(以下简称劳务)，销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为的纳税人，应当依照本条例缴纳。
