农村开荒土地有争议的处理办法有以下几点：
1、如果对开荒地的使用权有争议，应当由村民会议决定如何处理，如果要收回开荒者的土地使用权，应当对开荒者作出适当补偿；
2、可以向当地农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向起诉。
农村开荒土地使用权是谁的
开垦荒地使用权归开垦者所有。相关法律规定开发未确定使用权的国有荒山、荒地、荒滩从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产的，经县级以上依法批准，可以确定给开发单位或者个人长期使用。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第四十条
开垦未利用的土地，必须经过科学论证和评估，在土地利用总体规划划定的可开垦的区域内，经依法批准后进行。禁止毁坏森林、草原开垦耕地，禁止围湖造田和侵占江河滩地。
根据土地利用总体规划，对破坏生态环境开垦、围垦的土地，有计划有步骤地退耕还林、还牧、还湖。
第四十二条
国家鼓励土地整理。县、乡（镇）应当组织农村集体经济组织，按照土地利用总体规划，对田、水、路、林、村综合整治，提高耕地质量，增加有效耕地面积，改善农业生产条件和生态环境。
地方各级应当采取措施，改造中、低产田，整治闲散地和废弃地。
