1、股权转让合同要明确约定逾期办理工商变更的违约责任，可以约定按逾期每日一定固定数额或者按照转让价款一定比例（如等同于银行贷款利率的万分之四）的方式计算违约金，加大对出让方违约责任的惩罚力度促使其及时办理变更。
2、要及时和出让股东外的其他股东联系，了解他们对股权出让的态度，是否同意股权转让给股东外第三人、是否行使等等，必要时可要求参加公司的股东会表决，实时监督。或者，由出让方对公司股东会同意股权转让作出承诺或担保。
3、在前期意向性协议及股权转让合同中明确约定，如果由于出让方的原因导致转让无法履行的，应当赔偿所发生的全部损失及评估、等费用。
4、可以采取先办理工商变更再付款的方式来确保股权转让资金的安全。
5、可以也约定出让方逾期不办理工商变更登记的属于合同重大违约，受让方有权单方解除合同并且出让方应当返还全部已付资金并承担全部损失赔偿义务。
6、可以办理由银行或者公证机构参与的资金第三方监管形式来支付款项。待工商登记完成后再由第三方将资金支付给出让方。
7、前期的尽职调查要尽可能详细，调查的重点一是公司的主体合法性问题，特别是股东持有的股权合法性问题以及按照法律或公司章程中是否有股权转让的规定。二是公司的债权债务和资产、财务状况，可以聘请专业的会计师事务所进行，调查的关键是股东隐瞒或者未披露的债务问题。三是原股东的出资缴纳和验资情况，防止出现出资不实、抽逃出资的情况。
一、非公司股权转让协议应该包括哪些条款
一般应当具备如下条款：
1、鉴于条款：一般用来描述股权转让双方当事人的法律主体资格、股权转让的背景、意思表示和合同标的。
2、目标公司介绍：目标公司介绍包括当前股东名称、营业执照的签发日期、公司名称、注册资本、经营范围、住所地等。
3、出让方情况：出让方持股数量、所占比例，转让决议和授权决定，转让的股份和权益内容。
4、受让方情况：受让方的主体适格，受让股份的决议和授权决定真实、合法，无行业和违反法律禁止性规定。
5、双方的权利义务：转让协议必须明确目标公司依法设立、合法存续、股权结构、股份出让方持股；
转让意愿、其他股东意愿、是否放弃有限购买权、转让价款支付、工商登记变更以及相互交接协作等内容。
6、股东会决议情况：目标公司股东会决议，转让方股东征求其他股东意见事实，其他股东对于出让方转让股权的意思表示和行为表现。
7、特别约定的附加条件：股权转让合同可以附条件，但所附条件必须具体并且有成就的可能性。
