城乡居民医疗保险和灵活就业医疗保险的区别如下：
1、参保人群不同
灵活就业医保属于职工医疗保险的范畴，所以其参保人群是在职职工、灵活就业人员以及享受终身医保待遇的退休人员。城乡居民医保主要面向没有工作单位的居民，参保范围是18岁以下儿童、没有缴纳职工医保人群，老年居民和在校大学生等等。
2、缴费情况不同
灵活就业人员购买职工医保，一般按当地上年社会平均工资水平的6-10%缴费，每年缴纳几千块钱，一般是通过银行代扣代缴按月交费；灵活就业医保有缴费参保年限的规定：一般男性要缴满25年，女性满20年，即可在退休后享受终身医保待遇。
城乡居民医保采用一年一缴的方式，交一次保一年，每年的缴费金额大约在几百块钱的样子，退休后也需要继续缴纳，才能享受医保报销待遇。
3、报销比例不同
职工医保可选定点医院更多，报销比例也高，通常在70%左右，城乡居民医保的报销比例相对较低一些，大多是在50%。
4、医保账户不同
部分地区灵活就业职工医保分个人账户和统筹账户，个人账户会根据情况每月返一定的钱，用于看病抵扣。而大多数地区的居民医保一般不设置个人账户。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第三条
基本养老保险费的征缴范围：国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业和其他城镇企业及其职工，实行企业化管理的事业单位及其职工。
基本医疗保险费的征缴范围：国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业和其他孝扒城镇企业及其职工，国家机关及其工作人员，事业单位及其职工，民办非企业单位及其职工，社会团体及其专职人员。
失业保险费的征缴范围：国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业和其他城镇企业及其职工，事业单位及其职工。
省、自治区、直辖市根据当地实际情况，可以激慎前规定将城镇个体工商户纳入基本养老保险、基本医疗保险的范围，并可以规定将社会团体及其专职人员、民办非企业单位及其职工以及有雇工的城镇个体工商户及其雇工纳入失业保险的范围。
社会保险费的费基、费率依照有关法律、行政明清法规和的规定执行。
