农业承包合同纠纷会处理的。根据相关法律规定，因土地承包经营发生纠纷的，合同双方可以先自行协商，也可以直接申请村民委员会或乡（镇）等机构或民间组织调解解决。
一、农村集体土地被个人占用怎么办？
农村集体土地被个人占用时，当事人可通过协商、调解、仲裁以及起诉的方法解决。根据法律规定，发生土地纠纷时，双方可自行和解，也可请求村民委员会或乡镇进行调解。若当事人不愿意协商、调解或者协商、调解不成的，可向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，对仲裁结果不服的，可直接起诉。
二、赠与合同纠纷该如何
赠与合同纠纷的处理方法：
1、双方应本着相互理解、相互让步的精神，自愿协商解决。这种解决纠纷的方式不需要任何第三方的干预，有利于及时解决纠纷，有利于双方的和谐；
2、第三人居中调解。如果合同发生纠纷，当事人可以要求协议条款约定的单位或人员居中调解。这种调解不同于仲裁程序和诉讼程序中的调解；
3、向仲裁委员会申请仲裁。双方不愿意协商、调解、协商、调解的，可以仲裁或者诉讼；
4、向人民提起诉讼。合同发生纠纷后，当事人自行协商调解不成的，合同中没有仲裁条款，事后未达成仲裁协议的，可以向人民起诉。
三、怎么解决行纪合同纠纷
在我国行纪合同纠纷的解决首先双方当事人可以通过协商进行和解，也可以请求村民委员会、乡（镇）等调解解决；当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向仲裁机构申请仲裁，或者向人民提起诉讼。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》第五十五条
因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）等调解解决。
当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民起诉。
第五十六条
任何组织和个人侵害土地承包经营权、土地经营权的，应当承担民事责任。
