1、补偿标准低。土地管偿标准授权由省、自治区、直辖市具体规定。而有的省、自治区、直辖市违反立法法的规定，没有严格按照授权目的行使该项权力，将该授权给下级行政机关，下级行政机关为了减少土地储存成本，维护地方利益，通常将补偿标准规定较低。
2、随意性大。在农民房屋拆迁补偿纠纷案件中，有的拆迁人暗箱操作，与被拆迁农户签订拆迁安置补偿协议严重缺少公开、公平性，对同样被拆迁农户的房屋，在同等的条件下，得到的安置补偿结果不一样;另外，有的农村集体经济组织依法收回土地使用权的补偿标准，交由村民会议按照民主议定程序决定，补偿标准随意性大。
3、拆迁协议凸显家事代理性。在农村，集体土地上的房屋一般仅办理了集体土地使用权证，而未办理房屋所有权证。
4、处理难度大，主要有以下几个方面：
(1)案情复杂。
(2)群体性纠纷多，社会影响大。
(3)息诉工作难做。
一、房屋拆迁评估时应该是几个人评估
依据我国相关法律的规定，对被征收拆迁的房屋进行评估时，要由两名注册房地产估价师对房屋进行评估，并且在评估报告上签字。
《国有土地上房屋征收评估办法》
第十二条房地产价格评估机构应当安排注册房地产估价师对被征收房屋进行实地查勘，调查被征收房屋状况，拍摄反映被征收房屋内外部状况的照片等影像资料，做好实地查勘记录，并妥善保管。
被征收人应当协助注册房地产估价师对被征收房屋进行实地查勘，提供或者协助搜集被征收房屋价值评估所必需的情况和资料。
房屋征收部门、被征收人和注册房地产估价师应当在实地查勘记录上签字或者盖章确认。被征收人拒绝在实地查勘记录上签字或者盖章的，应当由房屋征收部门、注册房地产估价师和无利害关系的第三人见证，有关情况应当在评估报告中说明。
第十七条分户初步评估结果公示期满后，房地产价格评估机构应当向房屋征收部门提供委托评估范围内被征收房屋的整体评估报告和分户评估报告。房屋征收部门应当向被征收人转交分户评估报告。
整体评估报告和分户评估报告应当由负责房屋征收评估项目的两名以上注册房地产估价师签字，并加盖房地产价格评估机构公章。不得以印章代替签字。
