经过鉴定伤残等级之后，根据农民工丧失劳动能力程度或者伤残等级，按照受诉所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准赔偿。
赔偿单位一般应由工伤保险基金依法赔偿给劳动者其治疗工伤的医疗费用和康复费用、住院伙食补助费、伤残辅助器具费等费用;而用人单位则应依法赔偿给劳动者其治疗工伤期间的工资福利;终止或者解除劳动合同时的一次性伤残就业补助金等费用。
农民工申请工伤认定的程序如下：
1、用人单位向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请；
2、提交相关材料；
3、社会保险行政部门对事故伤害进行调查核实；
4、作出工伤认定的决定并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。
回答涉及到的法律依据：
《工伤保险条例》
第三十条
职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。
治疗工伤所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。
职工住院治疗工伤的伙食补助费，以及经医疗机构出具证明，报经办机构同意，工伤职工到统筹地区以外就医所需的交通、食宿费用从工伤保险基金支付，基金支付的具体标准由统筹地区规定。
