1、农村合作医疗保险只能农民，也就是拥有农村户口的人才可以参加;
2、农村合作医疗保险必须以家庭为单位整户参加;
3、农村合作医疗保险是一年一交费，一年一参合，参合本年度享受报销;
4、因农村合作医疗保险基金筹措有限，保障力度略低;
5、农村合作医疗保险为国家的，以解决参合农民“因病致贫、因病返贫”为最终目的。社保中的医疗保险具有“低水平，广覆盖”的特点，缴费以低水平的绝大多数单位和个人能承受的费用为准，广泛覆盖城镇所有单位和职工，不同性质单位的职工都能享有基本医疗保险的权利，参保人员完成缴费年限后可以终身享受。其次基本医疗保险具有“双方负担，统账结合”的特点，根据以收定支，收支平衡的原则，按统一标准享受待遇。”应将新农合保障制度与社保进行区分对比，将农村合作医疗保险与社保中的医疗保险相比较，那么我们就不难发现其中的区别，简而言之，其参保对象、保障水平等都是千差万别的，农村合作保障制度的保障水平总体还是较低的，将随着我国社会保障制度的完善而不断完善。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。《中华人民共和国社会保险法》第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由规定。《中华人民共和国社会保险法》第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。
