查封扣押的保管费用由行政机关承担。查封、扣押是对行政相对人占有或处分其财产的，目的在于防止当事人毁灭证据，保证行政决定能够顺利执行，保证行政相对人金钱、财产给付义务的履行。根据法律规定，对查封的场所、设施或者财物，行政机关可以委托第三人保管，因查封、扣押发生的保管费用由行政机关承担。
一、查封扣押和冻结的区别。
1、 查封适用于不动产，因为不能转移。
2、冻结是关于银行帐户，资金、帐号之类的。
3、针对的事物不同，查封所针对的是物，如动产及不动产，而冻结针对的是虚拟财产等。
二、查封扣押的原因。
1、冻结，民事诉讼中依法地方裁定冻结;
2、相关机构或司法机关的冻结，如单位因涉嫌犯罪;
3、公司存在和银行的财务纠纷，银行向申请冻结。
法律依据：
《中华人民共和国行政强制法》第二十六条 对查封、扣押的场所、设施或者财物，行政机关应当妥善保管，不得使用或者损毁；造成损失的，应当承担赔偿责任。对查封的场所、设施或者财物，行政机关可以委托第三人保管，第三人不得损毁或者擅自转移、处置。因第三人的原因造成的损失，行政机关先行赔付后，有权向第三人追偿。因查封、扣押发生的保管费用由行政机关承担。
