工厂不满三个月辞职扣工资不合法。
对劳动合同，劳动者享有任意解除权，即只要劳动者依法提出，就可以解除劳动合同；用人单位不得扣发工资并有义务协助劳动者办理社保衔接手续。
如果有劳动纠纷，可以选择以下途径进行解决：
1、劳动争议调解：双方可以自行通过协商、调解等方式解决劳动争议，也可以通过劳动争议调解委员会等第三方机构进行调解；
2、劳动争议仲裁：如果双方无法通过自行协商解决争议，可以向当地人力资源和社会保障局所属的劳动争议仲裁委员会申请仲裁；
3、劳动争议诉讼：如果对仲裁结果不服，可以向人民提起诉讼，由进行审理和判决。
劳动纠纷诉讼的流程如下：
1、提起诉讼：劳动者或用人单位可以向人民提起诉讼，填写诉状并提交人民受理；
2、受理登记：人民会对提交的诉状进行登记，确定管辖和法官，并告知双方当事人；
3、立案审查：人民会对诉状进行审查，确认是否符合起诉条件和法定程序，如果符合，会立案受理；
4、开庭审理：人民会依法组织庭审，听取双方当事人的陈述和辩论，查阅证据材料等，最终进行裁决；
5、判决生效：人民作出的一审判决，如果没有上诉或上诉被驳回，就会生效。如果有上诉，需要进行二审和终审等程序。
综上所述，除去培训费外，其他离职违约金、克扣工资都是不合法的，只要按照法律规定提前30天书面通知公司办理离职，就可以自离。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十
【劳动者单方解除劳动合同】用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
