建设工程合同纠纷可适用仲裁，但需在合同中约定仲裁条款。约定仲裁条款需注意：一、必须书面形式；二、内容符合法律规定；三、避免无效情形。仲裁条款是双方同意将纠纷提交仲裁的意思表示，应在合同订立前确定。仲裁条款应包括请求仲裁的意思表示、仲裁事项和选定的仲裁委员会。仲裁协议无效情形包括超出法定范围、无民事行为能力人订立、胁迫订立。
法律分析
建设工程合同纠纷可以适用仲裁，但是需要事先在合同里约定相应的仲裁条款，在约定仲裁条款时需要注意以下内容：
第一，仲裁条款必须以书面形式表示。
仲裁条款是指直接订立在《建设工程施工合同》中的仲裁协议，是双方同意将可能发生的纠纷提交仲裁的意思表示。仲裁条款订立在纠纷发生前。鉴于《建设工程施工合同》当事人双方在发生争议后较难达成解决争议的仲裁协议之习惯，故请求仲裁的意思表示往往是在订立《建设工程施工合同》时即以书面条款形成。
第二，仲裁条款的内容必须符合法律规定。
根据《仲裁法》第16条的规定，仲裁条款应当具有下列内容：1请求仲裁的意思表示、2仲裁事项以及3选定的仲裁委员会。
第三，仲裁条款必须无法定的无效情形。
《中华人民共和国仲裁法》第十七条明确规定，有下列情形之一的，仲裁协议无效：(一)约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的;(二)无民事行为能力人或者民事行为能力人订立仲裁协议的;(三)一方采取胁迫手段，迫使对方订立的仲裁协议的。
拓展延伸
仲裁程序对建筑工程合同争议的解决方式
仲裁程序是一种常见的解决建筑工程合同争议的方式。当双方在合同履行过程中发生争议时，可以通过申请仲裁来解决纠纷。仲裁程序具有许多优势，例如高效、便捷、保密性强等。在仲裁过程中，双方可以选择公正的仲裁员，进行听证、提交证据和辩论等程序。仲裁裁决具有约束力，双方必须遵守。相比于诉讼程序，仲裁程序更加灵活，可以根据具体情况制定适用的程序规则。因此，仲裁程序是一种可行且有效的解决建筑工程合同争议的方式。
结语
在建设工程合同纠纷中，仲裁程序是一种常见且有效的解决方式。为了确保有效性，合同中需事先约定仲裁条款。这些条款应以书面形式表示，并符合法律规定，包括请求仲裁的意思表示、仲裁事项和选定的仲裁委员会等内容。同时，仲裁条款也必须避免违反法律规定的无效情形。仲裁程序具有高效、便捷、保密性强等优势，双方可以选择公正的仲裁员，并进行听证、提交证据和辩论等程序。仲裁裁决具有约束力，双方必须遵守。相较于诉讼程序，仲裁程序更灵活，能够根据具体情况制定适用的程序规则。因此，仲裁程序是解决建筑工程合同纠纷的可行且有效方式。
法律依据
《中华人民共和国仲裁法》第十六条
仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和以其他书面方式在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。
仲裁协议应当具有下列内容:(一)请求仲裁的意思表示;(二)仲裁事项;(三)选定的仲裁委员会。
