大量制备质粒DNA(传统碱裂解法、PEG8000纯化)
适用于从100-250ul菌液中制备100-200ug高拷贝质粒
1. 涂板、挑取单克隆菌落,加入LB选择性培养基中(高拷贝质粒用100-250ml,低拷贝用500ml),37℃振摇12-16小时。
2. 收获菌液(用35ml离心管):4℃ 5,000rpm 离心10min,弃上清,再次离心2min,吸除残留的培养液:(注意:这步可将离心沉淀后的菌斑-204℃ 冻存12-24小时,留待以后操作。)
3. 以10ml溶液I重悬细菌。
4. 加入溶液II 10ml,轻轻旋转、颠倒4-6次(不可过重,以免机械剪切基因组DNA),室温放置5min(不可超过5min,避免过度消化)。
5. 加入冰预冷的溶液III 10ml,迅速颠倒4-6次混匀,冰上放置20min,以促进沉淀形成。
6. 4℃ 1,3000rpm(2,000g以上)离心30min,离心前应再次混合样品。(也可用过滤纸过滤。收集上清。)
7. 上清入新管,以与上一步相同的条件离心15min,充分去除沉淀。(如过滤此步可省)。
8. 上清入新管,加入60%体积的异丙醇(约18ml ,室温,已避免增加盐沉淀),混
匀,室温放置10min,4℃ 1,5000rpm离心30min(离心前应于管底作好标记),小心,缓慢地倒出上清,切勿将管底的DNA沉淀一并弃去。
9. 清洗:70%乙醇20ml清洗沉淀物,4℃ 1,5000rpm离心10min小心,缓慢地倒出上清,充分凉干,溶于1XTE溶液3ml 中。
10. 加入等体积 3ml预冷的5M LiCL溶液,充分混匀, 4℃ 10,000rpm离心10min。
11. 上清入新管,加入等体积的异丙醇(6ml)沉淀,室温条件下以10,000rpm离心10min,弃上清,以70%乙醇10ml清洗沉淀物,4℃ 1,5000rpm离心10min,凉干,溶于1XTE溶液500ul 中。(也可分成两管,每管500ul,做成两管抽提。)
12. 加入RNAse(20ug/ml),室温放置30min。
13.加入含13%(W/V)PEG8000的1.6M NaCl溶液500ul,充分混匀,室温静置20min, 4℃
1,2000rpm离心5min,以回收沉淀的质粒DNA。(可能肉眼看不见沉淀,沉淀在管壁上)。
14. 弃上清,以400ul 1×TE溶液溶解质粒DNA,用等体积的酚:氯仿异戊醇(200ul:200ul), 4℃ 1,2000rpm离心10min,上清入新管,加入氯仿异戊醇400ul,4℃ 1,2000rpm离心10min,上清入新管。(氯仿中加入异戊醇可起到去除泡沫的作用,有利于防止吸出水相与油相之间的白色物质。)
15. 加入1/10体积(40ul)3M(或5M 25ul)的醋酸钾溶液,充分混匀,加入2
倍体积(800ul)的冰预冷的无水乙醇,冰上放置10min, 4℃ 1,2000rpm离心5min,以回收质粒DNA。
16. 弃上清,加入放置4℃ 70%乙醇200ul,稍加振荡,4℃ 1,2000rpm离心5min,重复该步骤3次。
17. 吸除上清,敞开管口,室温凉干。
18. 加入适量的1×TE溶液溶解质粒DNA。
19. 紫外分光光度仪定量。