山西农业科学２０１２，４０（８）：８８１—８８５ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆＳｈａｚａｘｉ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｄｏｉ：１０．３９６９￣．ｉｓｓｎ．１００２－２４８１．２０１２．０８．２１ 猪Ｉｌ型圆环病毒江苏株全基因进化及ＯＲＦ３ 蛋白的生物信息学分析 高 歌，孙 荡，茅 翔 （南京农业大学动物医学院，江苏南京２１００９５） 摘要：对ＮＣＢＩ已经登记的国内分离的ＰＣＶ２江苏株（ＧＱ３５８９９４．１）进行序列比对及进化分析，并对其 ＯＲＦ３编码蛋白的氨基酸序列进行生物信息学方法分析，对其组分、理化性质、跨膜结构域、二级结构、糖基 化位点、磷酸化位点和Ｂ细胞抗原表位进行预测和推断。结果表明，ＰＣＶ２江苏株与国内分离株序列同源性 极高（＞９９％），ＯＲＦ３蛋白无跨膜区域，二级结构中自由卷曲含量最高，为５４．８１％，不含有糖基化位点，但有 ８个磷酸化位点。综合分析得出，ＯＲＦ３蛋白具有大量的抗原决定簇。通过对ＯＲＦ３蛋白进行生物信息学方法 分析，为ＰＲＲＳＶ疫苗设计提供理论基础。 关键词：ＰＣＶ２；进化分析；ＯＲＦ３蛋白；生物信息学 中图分类号：￥８５８．２８５．３ 文献标识码：Ａ 文章编号：１００２—２４８１（２０１２）０８—０８８１—０５ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｗｈｏｌｅ Ｇｅｎｅ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ＯＲＦ３ Ｃｏｄｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ ｏｆ Ｐｏｒｃｉｎｅ Ｃｉｒｃｏｖｉｒｕｓ Ｔｙｐｅ ２ Ｊｉａｎｇｓｕ Ｓｔｒａｉｎ ＧＡＯ Ｇｅ，ＳＵＮ Ｄａｎｇ，ＭＡＯ Ｘｉａｎｇ （Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｎａｎｊｉｎｇ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｍｉｎｇ ２１００９５，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｂｙ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ ｔｏｏｌｓ，ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ＰＣＶ２ Ｊｉａｎｓｓｕ ｓｔｒａｉｎ（ＧＱ３５８９９４．１）ｉｓｏｌａｔｅｄ ｉｎ Ｃｈｉｎａ ｒｅｇｉｓｔｅｒｅｄ ｂｙ ＮＣＢＩ ｈａｓ ｂｅｅｎ ａｎａｌｙｚｅｄ ｗｈｉｌｅ ｔｈｅ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ￣ｑｕｅｎｃｅｓ，ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｐｈｙｓｉｃａｌ ａｎｄ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｃｈａｒａｃｔｅｒｓ，ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｈｅｌｉｃｅｓ，ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｔｅ，ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｔｅ ａｎｄ ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎｄｅｘ ｏｆ ＯＲＦ３ ｃｏｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｗｅｒｅ ａｎａｌｙｚｅｄ ａｎｄ ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ．Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔ ｓｈｏｗｓ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｊｉａｎｇｓｕ ｓｔｒａｉｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｏｔｈｅｒ ｓｔｒａｉｎｓ ｉｓ ｆａｉｒｌｙ ｓｉｍｉｌａｒ（＞９９％）．ＯＲＦ３ ｃｏｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔａｋｅｓ ｎｏ ｔｒａｆｌｓｍｅｍｂｒｎａｅ ｒｅｇｉｏｎｓ ｎａｄ ｔｈｅ ｒｎａｄｏｍ ｃｏｉｌｓ ｃｏｖｅｒｓ ５４．８１％．Ｉｔ ｏｗｎｓ ７ ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ ｗｈｉｌｅ ｔｈｅｒｅ ａｒｅ ｎｏ ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ．Ｔｈｅ ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎｄｉｃｔｓ ｔｈｅ ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎｄｅｘ ｏｆ ＯＲＦ３ ｃｏｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｓ ｆａｉｒｌｙ ｈｉｇｈ．Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ ＰＣＶ２ ｖａｃｃｉｎｅ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｐｒｏｖｉｄｅｄ ｂｙ ｍｅｔｈｏｄ ｏｆ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｆｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ． Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ：ＰＣＶ２；ｐｈｙｔｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ；ＯＲＦ３ ｃｏｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ；ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｅｓ 猪圆环病毒病（Ｐｏｒｃｉｎｅ Ｃｉｒｃｏｖｉｒｕｓ ｄｉｓｅａｓｅ）是 ａｎｄ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｖｉｒｕｓ，ＰＲＲＳＶ）、猪细环病 由猪Ⅱ型圆环病毒（Ｐｏｒｃｉｎｅ Ｃｉｒｃｏｖｉｒｕｓ Ｔｙｐｅ ２， 毒（Ｔｏｒｑｕｅ ｔｅｎｏ ＳＵＳ ｖｉｒｕｓ，１ ｕＶ）等混合感染［２］，给 ＰＣＶ２）引起的一种主要感染哺乳猪到育成猪的 ＰＣＶ２的防控带来了更大的挑战。 传染性疾病。现已证明【ｌ１，ＰＣＶ２与断奶仔猪多系 ＰＣＶ２是一种单股负链ＤＮＡ病毒，基因组为 统衰弱综合征（Ｐｏｓｔ—ｗｅａｎｉｎｇ ｍｕｈｉｓｙｓｔｅｍｉｃ ｗａｓｔｉｎｇ 环形，大小约为１．７６８ ｋｂ。病毒粒子为二十面体 ｓｙｎｄｒｏｍｅ，ＰＭＷＳ）、猪呼吸道综合征（Ｐｏｒｃｉｎｅ ｒｅｓ— 对称结构，直径为１７ ｎｍ，在ＣｓＣ１中的浮密度为 ｐｉｒａｔｏｒｙ ｄｉｓｅａｓｅ ｃｏｍｐｌｅｘ，ＰＲＤＣ）及猪皮炎和肾病 １．３７ ｇ／ｅｍ 『３】。Ｈａｍｅｌ等【４报道，ＰＣＶ２基因组可分为 综合征（Ｐｏｒｃｉｎｅ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ ａｎｄ ｎｅｐｈｒｏｐａｔｈｙ，ＰＤＮＳ） １１个开放阅读框（ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅｓ，ＯＲＦｓ），即 有密切的联系。自２００１年ＰＣＶ２首次在我国分 ＯＲＦ１～ＯＲＦ１ １。ＯＲＦ１编码与病毒复制相关蛋 离出以来，就一直呈现较大面积的流行，并呈现 白，与ＰＲＲＳＶ共感染中发挥重要作用嘲。ＯＲＦ２ 同猪繁殖与呼吸综合征病毒（ｐｏｒｃｉｎｅ ｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅ 编码病毒主要的衣壳蛋白，其１ ３３１～１ ３３９位 收稿日期：２０１２—０５—１５ 基金项目：南京农业大学大学生创新项目（ＳＲＴ项目）（１００４Ａ０４） 作者简介：高歌（１９８９一），女，河南开封人，在校学生，研究方向：动物传染病。茅翔为通讯作者。 ・８８１・ 山西农业科学２０１２年第４Ｏ卷第８期 点的９个核苷酸序列决定病毒的毒力ｌ ６Ｉ。同时， ＧＱ３５８９９２．１，ＦＪ６０８５４３．１，ＦＪ８７０９６９．１，ＡＹ５５６４７５．１， ＯＲＦ２蛋白能有效递呈胞内的质粒ＤＮＡ川，具备 ＧＵ４５０３２Ｋ１，ＥＦ５２４５３５．１，ＨＱ３９５０２￣１，ＤＱ１９５６７￣１， 良好的抗原性嗍。ＯＲＦ３主要编码诱导细胞凋亡蛋 ＥＵ２５７５１５．１，ＡＦ０２７２１７。 白，这种蛋白是病毒复制的非必需蛋白，但其能 １．２同源性和进化分析 导致宿主Ｂ淋巴细胞核ＣＤ４＋Ｔ淋巴细胞的消 应用ＭＥＧＡ ４．０软件进行序列的进化分析、 耗衰竭，增强病毒的复制扩散ｌ９Ｊ。ＰＣＶ２能够激活 ＤＮＡＳｔａｒ进行序列同源性分析。 ＮＦ一７Ｂｔ蚓，反过来激活的ＮＦ一７Ｂ有利于病毒的相 １．３生物信息学数据库 关复制与感染，在这个过程中活性氧物质（Ｒｅａｃ— 常见的生物信息学数据库和在线软件如表 ｔｉｖｅ ｏｘｙｇｅｎ ｓｐｅｃｉｅｓ，ＲＯＳ）起重要的调节作用ｌｌ”， １所示。利用表１中的在线工具分析蛋白质的氨 ＯＲＦ４～ＯＲＦ１１编码蛋白功能未知。目前，国内外 基酸组成、等电点及疏水性等理化性质，进行二 还没有ＯＲＦ３编码蛋白晶体结构的相关报道。 级结构和跨膜结构以及糖基化位点和磷酸化位 本研究通过序列比对和构建进化树，研究 点的预测。利用ＤＮＡＳｔａｒ软件对ＯＲＦ３蛋白进行 ＰＣＶ２江苏株的基因序列情况，为ＰＣＶ２进化研 Ｂ细胞抗原表位综合预测。 究提供理论参考。利用生物信息学的方法分析 ＯＲＦ３蛋白的性质，为临床上构建ＰＣＶ２的拮抗 ２结果与分析 性小肽及基因工程疫苗设计提供理论参考。 ２．１ 同源性分析 １ 材料和方法 由ＤＮＡＳｔａｒ分析序列的同源性，其结果如图 １所示。图１结果表明，江苏株与安徽株、北京 １．１试验材料 株、广东株、广西株、河南株、江西株、上海株、山 以ＰＣＶ２江苏株（ＮＣＢＩ编号为ＧＱ３５８９９４．１） 东株、浙江株的同源性都超过９９％，其中，与上海 全基因组为基因序列分析对象，参考毒株为安 株同源性最高，达９９．７％；与加拿大分离株的同 徽、北京、广东、广西、河南、江西、山东、上海、浙 源性仅为９５．９％，与江苏株分离的ＰＣＶ１同源性 江、加拿大等地分离的毒株，ＮＣＢＩ编号分别为： 为７６．２％。 表１ 常见的生物信息学数据库及软件 相似性 ｉ＇ｉ ２ ３ ４ １ ５ ６ ７ ８ ９ ｔ０ ＇ ｔ２ ＇３ ＇４ ＇■■ ４ １．２ ’．２ ’．２ ２ １．２ １ １ ２ ＇．Ｏ １，２ １，２ 嘻２ ２ ＇ ＦＲＳｆｉＯ０３０ ２ ４０４．２ ■● １ ２ １ ２ １．２ ．２ ．２ １．２ １ ６ ．２ ２ ２ ＇２ ２ ２ ｝圳２２４４５１ ３ １５４｛ １６４３ —■ ９９７ ９ｇ３ ９ｇ９ ９９：４ ９５鲁 ９９．５ ７６．４ ９９．５ ９９ ８ 斡．７ §ｇ．５ ３ １ｅ；ｏ３５８鲁鲁 ４ １５５５ ，６３６ Ｏ３ ■● ９９． ９９．８ ９９ ３ ９５８ ９９．３ ７６，４ ９９．４ 鲁９．７ ９９．５ ９９３ ４ ｌ ６ｏ８５４３ 离 散 ５ ５４１ １６９３ Ｏ７ Ｏ．§ ■■ ９９３ ９９ ７ ９６２ ９瞢３ ７｛ｓ ４ §９３ ９９．２ ９９ ９８．９ Ｓ ｊ８７０９６９ 性 ６ １５３７ １６４８ Ｏ １ Ｏ、２ ７ ＿ ９ｇ５ ９６Ｏ ９９．５ ７８４ ｇ９奄 ９兮．８ ９譬．８ ９９．５ ６ ５５黾蜩５ 各 分 ７ １５３ ７ １６５窘 Ｏ ６ ．７ Ｏ．３ 诬５ ＿ ９６２ ９９．５ ７８．４ ９９４ ９９．３ ∞．６ ９９．０ ７ ０Ｕ４５０３２８ 离 ８ １６０４ ｛７ １ ．｜２ ４．３ ４０ ４．１ ４．０ Ｉ■ ９５．ｇ ７６．４ ９５：９ ９５ ９ ９６．Ｏ ９５．８ ８ ＡＦ０２７２１７ 株 ９ ５５ ５ １８５４ Ｏ５ Ｏ．７ Ｏ．７ Ｏ．５ Ｏ．５ ４．３ ＿ ７６．２ ９９．Ｓ ９９．暹 ９９．７ ．１ ９ ＧＱ３５８９９４ １Ｏ １７４．４ ９７ ２７ Ｏ ２８ ２７．Ｏ ２６ ９ ２７Ｏ ２７ Ｏ ２７．１ ７６，４ ７鼠５ ７６．５ ７６。２ ＇０ ＧＵ７２２３３４ １＇ 气５５ ４ １６５ ２ Ｏ ５ Ｏ．ｅ ７ Ｏ． ０．晷 ４．３ Ｏ．５ ２７．ｏ ■■９９ ４ ９密１７ ｇ９．２ ＂ ＥＦ５２４５３５ １２ １５５，Ｏ １６５４ Ｏ．２ Ｏ３ Ｏ．９ Ｏ．２ ０１７ ４．３ ｏ．８ ２６．８ ０．６ Ｉ—一９９．６ 蚤９４ １２ ¨ ３ｇ５０２０ １３ ５３，Ｏ ， ６２ Ｏ３ Ｏ．５ Ｏ ５ ＯＩ＿２ Ｏ．４ ４．１ Ｏ．３ ２６ ８ 口３ ｏ４ ＿ ９９．３ １３ ＤＱ１ ９５ ７９ １４ １５４１ １６４４ Ｏ．５ Ｏ ７ｒ １．， 髓５ ．０ ４．４ Ｏ．９ ２７．’ ０§ Ｏ．８ Ｏ，７ 一 ＇４ ＥＵ２５７５ ５ ＇ ２ ３ ４ ５ ６ ７ ８ ９ ｌ０ ＇ｔ １２ ｌ３ １４ 图１ 各分离株的序列相似性比较 ・８８２・ 高歌等：猪Ⅱ型圆环病毒江苏株全基因进化及ＯＲＦ３蛋白的生物信息学分析 ２．２进化分析 该段蛋白稳定性极差，脂肪系数为７５．８７，疏水性 用ＭＥＧＡ软件进行系统进化分析，结果如 评估系数为一０．２１６。该蛋白中，丝氨酸（Ｓｅｔ）含量 图２所示。图２结果表明，ＰＣＶ主要有２个较大 最高，为１１．５％；其次为脯氨酸（Ｐｒｏ）和亮氨酸 的分支：ＰＣＶ１和ＰＣＶ２。在ＰＣＶ２构成的分支中， （Ｌｅｕ），分别为１０．６％和８．７％；甲硫氨酸（Ｍｅｔ）的 江苏株与上海株亲缘性最高，与加拿大的分离株 含量最低，为１．０％。 亲缘性最远。ＰＣＶ与同属的鸡贫血病毒和猪细环 ２．４ ＯＲＦ３蛋白跨膜区域分析 病毒有一定的亲缘性。 应用在线软件ＴＭＨＭＭ预测ＯＲＦ３蛋白的 跨膜区域，结果表明，ＯＲＦ３蛋白没有可能的跨膜 区域，全部为膜外蛋白（图３）。 １・２ 魁ｌ－Ｏ Ｏ．８ ｏ．６ Ｏ・４ ０．２ ０ ２０ ４０ ６ｏ ８Ｏ ｌ０ｏ 序列位点 Ａ．膜外蛋白；Ｂ．跨膜蛋白；Ｃ．膜内蛋白。 Ｏ．２ 图３ ０ＲＦ３蛋白跨膜蛋白区域预测 图２ Ｐ０Ｖ毒株的进化树分析 ２．５ ＯＲＦ３蛋白二级结构预测 ２．３ ＯＲＦ３蛋白理化性质分析 币０用ｈｔｔｐ：／／ｎｐｓａ—ｐｂｉｌ．ｉｂｃｐ．ｆｒ／ｃｇｉ—ｂｉｎ／ｎｐｓａ＿ａｕ— 利用ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｔｏｏｌｓ／ｐｒｏｔｐａｒａｍ．ｈｔｍｌ ｔｏｍａｔ．ｐｌ？ｐａｇｅ＝／ＮＰＳＡ／ｎｐｓａ＿ｓｅｃｃｏｎｓ．ｈｔｍ在线工具 在线工具对蛋白质的各种理化性质进行预测， 对ＯＲＦ３蛋白的二级结构进行预测，结果表明， ＯＲＦ３蛋白大约含有１０４个氨基酸残基，分子量 ＯＲＦ３蛋白的Ｏｔ螺旋所占比例为６．７３％，伸展片 约１１．９１０ ｋＤａ，理论等电点为ｌ０．２０，高于７．００， 段为２６．９２％，Ｂ转角为１１．５４％，自由卷曲为 说明该蛋白呈碱性。其不稳定系数为７０．２６，说明 ５４．８１％。其具体分布如图４所示。 ２０ ４ｏ ６０ ８０ 螺旋…；ｐ折叠…；伸展片段ｌＩＩ；自由卷曲…。 序列位点 图４ ０ＲＦ３蛋白的二级结构预测 ２．６ ＯＲＦ３蛋白糖基化位点和磷酸化位点分析 利用ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＰｈｏｓ 利用ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＤｉｃｔｙＯＧｌｙｃ 在线工具对ＯＲＦ３蛋白进行磷酸化位点分析，结 在线工具对ＯＲＦ３蛋白进行糖基化位点分析，结 果表明，ＯＲＦ３蛋白一共有８个可能的磷酸化位 果表明，ＯＲＦ３蛋白没有可能的糖基化位点（图５）。 点（图６），其中，丝氨酸（Ｓｅｒ）有４个，分布于第 ６３，９７，９９，１００ ａａ；苏氨酸（Ｔｈｒ）有３个，分布于第 ３０，７７，９１ ａａ；酪氨酸（Ｔｙｒ）有１个，位于第３９ ａａ。 ２．７ ＯＲＦ３蛋白抗原表位分析 按照Ｋｙｋｅ—Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ的氨基酸亲水性标准， ＯＲＦ３蛋白具有较高的亲水性，主要包括第２８— ３９，５１ ６９。７４～９２，９５～１０５ ａａ区段；根据Ｅｍｉｎｉ Ａ．阈值；Ｂ．可能性。 原则分析表面可及性，结果显示，ＯＲＦ３蛋白中表 图５ ０ＲＦ３蛋白糖基化位点预测 面可及性较高的区域主要分布在第６２一 ・８８３・ 山西农业科学２０１２年第４０卷第８期 ６８，８３～９Ｏ，９６ １０５ ａａ区段，而且这些区段都位 剂、ＰＲＲＳＶ、多杀性巴氏杆菌等混合感染等因素 于亲水性区域；Ｊａｍｅｓｏｎ—Ｗｏｌｆ法预测ＯＲＦ３蛋白 共同作用，会引起猪圆环病的暴发，表现ＰＭＷＳ， 抗原指数的结果显示，ＯＲＦ３蛋白的亲水性区域 ＰＤＮＳ等。ＰＣＶ２一般通过呼吸道、消化道传播， 抗原指数较高（图７），主要分布在第３０～３７，５４— 也可经胎盘传播，何孔旺等首次在猪粪便中分离 ６８，８１ ９ｌ，９５～１０５ ａａ区段。综合预测结果， 出ＰＣＶ２的基因幺且【堋。ＯＲＦ３蛋白含有较为复杂 ＯＲＦ３蛋白上位于蛋白分子表面且亲水的区段很 的二级结构，无糖基化位点，但有多个磷酸化位 可能是Ｂ细胞表位的优势区段。 点，说明其可能有较为活泼的反应性，能够参与 多种病毒与宿主的相互反应。有研究表明，位于 密码子４１，１０３位发生的突变引起病毒的进 化，使得各ＰＣＶ２基因型之间区分更为显著［１４１。 ＯＲＦ３蛋白的５３～６８ ａａ与８５～１０４ ａａ能显著地 调节病毒融合蛋白的细胞核内定位【ｌ５】，在病毒复 制的核内定位中有重要意义。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ等表明， ＯＲＦ３蛋白能够表现Ｔ细胞免疫显性（Ｔ—ｃｅｌｌ ｉｍ— 序列位点 ｍｕｎｏｄｏｍｉｎａｎｔ）［垌。国内徐廷川等【’７】原核表达得到 Ａ．阈值；Ｂ．丝氨酸；Ｃ．苏氨酸；Ｄ．酪氨酸。 图６ ＯＲＦ３蛋白磷酸化位点预测 ＯＲＦ３蛋白，免疫学研究其也有较强的免疫原性， 这些与本研究抗原性预测结果相一致。有研究表 Ｄ数值范围 日月【 ８１，通过缺失ＯＲＦ２序列的５１ １０３位核苷酸 ４．５ 构建病毒相似粒子ｖｉｒｕｓ—ｌｉｋｅ ｐａｒｔｉｃｌｅ，ＶＬＰ），依 ０ －亲水性 然表现了良好的免疫性，ＯＲＦ３主要编码毒力相 ４．５ ６．Ｏ 关蛋白，诱导细胞凋亡，对于病毒与宿主的作用 （如复制、感染、定位、致病性等）有重要意义【１９１， １．Ｏ 口表面可及性 对于构建碱基缺失疫苗有重大的参考价值，不仅 １．７ ｌ抗原指数 可以起到免疫效果，也可区分野毒与弱毒疫苗感 ０ １．７ 染。目前，尚无ＯＲＦ３蛋白晶体结构的报道，通过 图７ ＯＲＦ３蛋白的亲水性、抗原指数及表面可及性分析 对ＯＲＦ３蛋白进行生物信息学分析，对于阐明病 毒一宿主相互作用有着重要的生物学意义，进一 ３ 讨论 步通过运用反向遗传技术，为开发ＰＣＶ２的诊断 和疫苗试剂提供一定的参考借鉴。 ＰＣＶ２对各种年龄的猪都可感染，但主要感 染仔猪，往往在断奶后发病，一般集中在５～ 参考文献： ｌ８周龄，尤其以６—１２周龄多见。ＰＣＶ２感染表 ［１］中国农业科学院哈尔滨兽医研究所．动物传染病学【Ｍ】．北 现的疾病主要有ＰＭＷＳ，ＰＤＮＳ，增生性坏死性结 京：中国农业出版社，２００８． 肠炎，繁殖障碍等。目前，我国猪群表现出了较高 ［２］夏应菊，訾占超，蔡林，等．猪细环病毒和猪圆环病毒２型混 的ＰＣＶ２抗体阳性，感染情况相当严重［１２１。通过进 合感染状况的调查【Ｊ】．畜牧兽医学报，２０１２，４３（２）：４２４—４３０． 化分析表明，国内的ＰＣＶ２呈现高度的序列相似 ［３］陈溥言．兽医传染病学【Ｍ】．北京：中国农业出版社，２００６． 【４ｊ Ｈａｍｅｌ Ａ Ｌ，Ｌｉｎ Ｌ Ｌ，Ｎａｙａｒ Ｇ Ｐ．Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆｐｏｒｃｉｎｅ 性，说明其进化变异较为保守，这可能与ＤＮＡ环 ｃｉｒｃｏｖｉｍｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｐｏｓｔｗｅａｎｉｎｇ ｍｕｌｔｉｓｙｓｔｅｍｉｅ ｗａｓｔｉｎｇ 状病毒自身稳定性有关。随着ＰＣＶ２流行的日益 ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｉｎ ｐｉｇｓ［Ｊ］．Ｊ Ｖｉｒｏｌ，１９９８。７２（６）：５２６２—５２６７． 严重，以及与其他传染病的混合感染，研究病毒 １５ Ｊ Ｓｉｎｈａ Ａ，Ｌｉｎ Ｋ，Ｈｅｍａｎｎ Ｍ，ｅｔ ａ１．ＯＲＦ１ ｂｕｔ ｎｏｔ ＯＲＦ２ ｄｅｐｅｎ— 进化流行规律、开发安全高效的疫苗成为研究的 ｄｅｎｔ ｄｉｆｅｒｅｎｃｅｓ ａｒｅ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｆｏｒ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＰＣＶ２ ｉｎ 热点。 ｐｏｒｃｉｎｅ Ｍｖｅｏｌ￣ｍａｃｍｐｈａｇｅｓ ｓｉｎｇｕｌａｒｌｙ ｏｒ ｃｏｉｎｆｅｃｔｅｄ ｗｉｔｈ ＰＲＲＳＶ［Ｊ］．ＶｅｔＭｉｅｍｂｉｏｌ，２０１２，１５８（１／２）：１－９． 单一的ＰＣＶ２感染一般不会引起发病，但如 １６ Ｊ Ｋｒａｋｏｗｋａ Ｓ，Ａｌｌａｎ Ｇ，Ｅｌｌｉｓ Ｊ，ｅｔ ａ１．Ａ ｎｉｎｅ—ｂａｓｅ ｎｕｅｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅ 果与诸如饲养管理不善、各种应激、使用免疫佐 ｑｕｅｎｅｅ ｉｎ ｔｈｅ ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｒｃｏｖｉｒｕｓ ｔｙｐｅ ２（ＰＣＶ２）ｎｕｃｌｅｏｃａｐｓｉｄ ．８８４． 高歌等：猪Ⅱ型圆环病毒江苏株全基因进化及ＯＲＦ３蛋白的生物信息学分析 ｇｅｎｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ ｖｉｒａｌ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｖｉｒｕｌｅｎｃｅ【Ｊ］．Ｖｉｕｒｓ Ｒｅｓ， ｐｒｅｖａｌｅｎｔ ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｅｒｏｖｉｒｕｓ ２ ｉｓｏｌａｔｅｄ ｆｒｏｍ ｐｉｇｌｅｔ ｓｔｏｌ ｓａｍｐｌｅｓ ２０１２。１６４（１１２）：９０—９９． ｉｎＣｈｉｎａ［Ｊ］．ＪＶｉｒｏｌ，２０１２。８６（８）：４７１６． ［７］Ｃｈｅｎ Ｈ Ｃ，Ｃｈｉｏｕ Ｓ Ｔ，Ｚｈｅｎｇ Ｊ Ｙ，ｅｔ ａ１．Ｔｈｅ ｎｕｃｌｅａｒ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ［１４］Ｎｇｕｙｅｎ Ｖ Ｇ，Ｋｉｍ Ｈ Ｋ，Ｍｏｏｎ Ｈ Ｊ，ｅｔ ａ１．Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｄｙｎａｍｉｃｓ ｓｉｇｎａｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｒｃｏｖｉｕｒｓ ｔｙｐｅ ２ ＯＲＦ２ ｅｎｈａｎｃｅｓ ｉｎ－ ｎａｄ ＯＲＦ３ ｇｅｎｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｅｒｏｖｉｕｒｓ ｔｙｐｅ ２ ｃｉｅｒｕｌａｔ－ ｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｐｌａｓｍｉｄ ＤＮＡ ｆＪ１．Ａｒｃｈ Ｖｉｍｌ，２０１ １，１５６ ｉｎｇｉｎＫｏｒｅａ［Ｊ］．ＡｒｃｈＶｉｒｏｌ，２０１２，１５７（５）：７９９－８１０． （５）：８０３—８１５． ［１５］Ｌｉｎ Ｗ Ｌ，Ｃｈｉｅｎ Ｍ Ｓ，Ｗｕ Ｐ Ｃ，ｅｔ ａ１．Ｔｈｅ ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｒｃｏｖｌｕｒｓ ｔｙｐｅ ［８］张秀珊，曹洪战，张丽青，等．河北地区猪圆环病毒二型 ２ ｎｏｎｓｔｒｕｅｔｕｒｌａ ｐｒｏｔｅｉｎ ＯＲＦ３ ｉｎｄｕｃｅｓ ａｐｏｐｔｏｓｉｓ ｉｎ ｐｏｒｃｉｎｅ ｐｅ－ ＯＲＦ２基因片段的克隆与原核表达叫．华北农学报，２００８，２３ ｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ ｃｅｌｌｓ［Ｊ】．Ｏｐｅｎ Ｖｉｒａｌ Ｊ，２０１１，５： （４）：５１－５４． １４８－１５３． ［９］Ｋａｒｕｐｐａｎｎａｎ Ａ Ｋ，Ｋｗａｎｇ Ｊ．ＯＲＦ３ ｏｆ ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｅｒｏｖｉｕｒｓ ２ ｅｎ－ 【１６］Ｄａｒｗｉｃｈ Ｌ，Ｍａｔｅｕ Ｅ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ｏｆ ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｒｅｏｖｉｕｒｓ ｔｙｐｅ ２ ｈａｎｃｅｓｔｈｅｉｎ ｖｉｔｒｏ ａｎｄｉｎ ｖｉｖｏ ｓｐｒｅａｄ ｏｆｔｈｅ ｏｆｔｈｅ ｖｉｒｕｓ ＩＪ］．Ｖｉ－ （ＰＣＶ２）［Ｊ】．ＶｉｕｒｓＲｅｓ，２０１２，１６４（１／２）：６１—６７． ｒｏｌｏｇｙ，２０１１，４１０（１）：２４８－２５６． ［１７］徐廷川，张亮权，张得玉，等．猪圆环病毒２型ＣＣ株ＯＲＦ３ 【ｌＯ Ｊ ＬｉＷｅｉ，Ｋｗａｎｇ Ｊ，ＪｉｎＷａｎｇ，ｅｔ ａ１．Ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｒｃｏｖｉｒｕｓｔｙｐｅ ２ｉｎ－ 基因的克隆与原核表达［Ｊ】．中国预防兽医学报，２０１２，３４ ｄｕｃｅｓ ｔｈｅ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅａｒ ｆａｃｔｏｒ ｋａｐｐａ Ｂ ｂｙ Ｉ ＫＢ ｄ （３）：２３５—２３７． ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２００８，３７８：１７７－１８４． １ １８ Ｊ Ｗｕ Ｐ Ｃ，Ｌｉｎ Ｗ Ｌ，Ｗｕ Ｃ Ｍ，ｅｔ ａ１．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｏｒｃｉｎｅ ［１ １］Ｃｈｅｎ Ｘ，Ｒｅｎ Ｆ，Ｈｅｓｋｅｔｈ Ｊ，ｅｔ ａ１．Ｒｅａｃｔｉｖｅ ｏｘｙｇｅｎ ｓｐｅｃｉｅｓ ｒｅｇｕ— ｃｉｒｃｏｖｉｕｒｓ ｔｙｐｅ ２（ＰＣＶ２）ｃａｐｓｉｄ ｐａｒｔｉｃｌｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐ－ ｌａｔｅ ｔｈｅ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｏｒｃｉｎｅ ｃｉｒｃｏｖｉｕｒｓ ｔｙｐｅ ２ ｖｉａ ＮＦ－ｋａｐｐａＢ ｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ｖｉｒｕｓ—ｌｉｋｅ ｐａｒｔｉｃｌｅ ｖａｃｃｉｎｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ［Ｊ］．Ａｐｐｌ ｐａｔｈｗａｙ［Ｊ］．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２０１２，４２６（１）：６６—７２． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１２，４：１－６． ［１２］刘金鑫，孙孟娇，陈磊，等．猪圆环病毒研究进展［Ｊ］．动物医 ［１９］乔翠，高凤山，许崇波．猪圆环病毒２型分子致病机理及相 学进展，２０１２，３３（２）：９４—９７． 关疾病研究进展［Ｊ】．中国畜牧兽医，２０１２，３９（２）：１７０—１７３． １１３ Ｊ ＬｉＢ，Ｍａ Ｊ，ＬｊｕＹ，ｅｔａ１．Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆａ ｈｉｇｈｌｙ （上接第８７３页） 中国蔬菜，１９９９（３）：１－４． 复合墙结构就能保证温室具有优良的蓄热保温 ［５］葛晓光．对我国北方蔬菜温室生产发展中几个问题的思考 性能。 【Ｊ］．中国蔬菜，１９９８（４）：１－５． 日光温室结构的优化之三是采用的骨架材 ［６］刑如义，刘长江，刘国选．黑龙江省设施蔬菜现状及可持续 发展对策闭．农业系统科学与综合研究，２００１（１１）：２８３—２８４， 料要保证温室的荷载安全性和耐久性。几字型钢 ２８７． 骨架的特点是同等承载能力下单栋温室钢材使 ［７］佟国红，许晓辉，白义奎．辽宁省日光温室结构现状及其改 用量较传统钢管减少６０％左右，骨架的散热效 进途径［Ｊ］．沈阳农业大学学报，１９９６（１２）：２６—２９． 果最好（日光温室透光覆盖材料大多采用塑料薄 ［８］明月，白义奎．辽宁省不同地区发展日光温室适宜性分析 ． 膜，骨架构件受日光照射后，若散热不好容易烫 节能，２００７（２）：４７－－４８． ［９］张真和，李建伟．优化日光温室结构性能的途径和措施：下 伤塑料薄膜，降低薄膜的使用寿命）。 【Ｊ】．农村实用工程技术，１９９６（９）：ｌ２． ［１０］高菀蔓．ｎ型结构温室骨架在高寒地区的应用【Ｊ】．青海科 参考文献： 技，２００９，１６（２）：２１—２３． ［１］王研．宁夏日光温室结构优化及性能分析［Ｊ】．宁夏农林科 ［１１］李树和，赵国友．东施古镇双拱双膜日光温室设施建设探 技，２００９（５）：６—８． 讨［Ｊ】．现代农业科技，２００８（１８）：１１３一ｌｌ５． ［２］张桂云，周学政．节能型日光温室建造中存在问题及改良方 ［１２］张振刚，白文斌，张俊珍．山西省设施蔬菜发展现状及可持 法ｆＪ】．西北园艺，２０ｏ５（３）：６—７． 续发展对策Ⅱ】．山西农业科学，２０ｌ１，３９（７）：７６１—７６３． ［３］栾非时，崔喜波，孙占海．我国高寒地区设施园艺发展存在 ［１３］刘振华，王学忠，程子林，等．天津市蔬菜日光温室发展现 问题及解决对策ｆＪ１．东北农业大学学报，２００３（２）：２２６—２２９． 状及选型问题的探讨ｆＪ１．天津农林科技，２ｏｏ３（５）：２９—３２． ［４］张真和，李建伟．我国设施园艺的发展态势及问题探讨［Ｊ］． ・８８５・
