区别有：性质不同、要求不同、目的不同。
1、性质不同学年：毕业论文是专科及以上学历教育为对本专业学生集中进行科学研究训练而要求学生在毕业前撰写的论文，而学年论文是高等学校，自然科学，社会科学及本科学生在规定的某一学期内，在教师指导下就给定的课题进行研究所写出的小论文。
2、要求不同：学年论文应注意主题明确，结构合理，语言流畅，而毕业论文须在教师指导下，选定课题进行研究，撰写并提交论文。
3、目的不同：毕业论文就是完成的一篇总结性学术论文，是用来检查学生到毕业学习的基础知识、基本论理和技能在什么水平上；而学年论文是高校要求学生每学年完成的一篇学术论文，其目的在于指导学生初步学会对一学年所学专业知识进行的研究。
